• Hematoxylin (viết tắt là H) nhuộm nhân tế bào màu xanh hoặc xanh tím, còn eosin (viết tắt là E) nhuộm thành phần ngoại bào màu hồng, trong đó các cấu trúc khác có bản chất hoá học khác nhau sẽ cho các sắc màu khác nhau
• Hematoxylin khi kết hợp với chất gắn màu (phổ biến nhất là phèn nhôm) tích điện dương (cation); còn eosin tích điện âm (anion). Do đó, hai thành phần này sẽ liên kết với các cấu trúc trong mẫu vật đem nhuộm tuỳ theo bản chất hoá học của cấu trúc đó trong mô mẫu:

- Protein và các thành phần tương tự khác sẽ liên kết với thuốc nhuộm axit, nghĩa là chúng "thích axit" (axitophilic).

- Thành phần anion hoặc axit trong tế bào (như axit nucleic) có tính axit, nên liên kết với thuốc nhuộm "thích bazơ" (basophilic).

• Do đó:

- Eosin cho kết quả là màu đỏ hoặc hồng với thành phần axitophilic ("ái toan").

- Haematoxylin nhuộm các cấu trúc basophilic ("ái kiềm") thành màu xanh tím.

• Kết quả là qua màu quan sát được dưới kính hiển vi, dễ dàng nhận ra

- ADN (ở sợi nhiễm sắc và nhân) cũng như ARN và ribosome ở mạng lưới nội chất liên kết với haemotoxylin nên nhuộm màu tím.

- Hầu hết các protein, một số vật liệu ngoại bào (như carbohydrate trong sụn) là basophilic, vì vậy eosin liên kết với chúng và nhuộm màu hồng